由于垄断的复杂性，尽管反垄断法规定了禁止垄断的具体情形，比如禁止垄断协议、禁止滥用市场支配地位、禁止经营者集中，但是具体怎样来认定和判断，还是一个复杂的问题。

美国反垄断法实践形成了认定垄断的两个基本规则，一是本身违法规则(the per se illegal rule)，二是合理规则(Rule of Reason)。但是，本身违法规则与合理规则的适用范围从初始的泾渭分明，逐渐发展到边界淡化，即原来属于本身违法的垄断行为，需要用合理规则来认定。但是，出于产业政策等因素考虑，有些即或属于垄断的情形，也并不适用反垄断法加以禁止，或者法律已经明确规定可以例外，这就构成了除外规则(除外规则包括例外与豁免)。除外规则的意义就在于排除了反垄断法的适用。

本身违法规则，又称为当然违法规则，反映的是一个事实与法律之间的逻辑判断问题，违法行为的存在与否是法院或反垄断执法机关做出裁决的基础。比如，价格限制协议属于本身违法，不需要进行合理性分析，不需要证明被限制的价格是否合理，以及被告是否具有实施限制协议的市场能力，或者协议是否损害了其他人。之所以不需要进行合理性分析，不必关注其对竞争产生的实际效果，是因为从性质就可以推定，其产生的积极效果不可能弥补对竞争造成的损害，这就内含有 “显而易见”的逻辑。本身违法规则具有低诉讼成本的优势。从理论上来说，本身违法规则关注当事人实施垄断的恶意，当事人之间进行共谋的事实或当事人单方面滥用支配地位的行为都仅仅显示、表露了当事人的恶意。反垄断法所规制的就是当事人实施垄断行为的恶意，而不管当事人的市场地位、当事人限制价格的合理性、当事人是否已经实施了限制竞争的行为以及当事人行为的可能后果。从实践来看，本身违法规则的运用需要有法律的明确规定，只要事实判断与法律规定一致，即可以认定违法。通常适用本身违法规则的案件类型包括固定价格、划分市场和联合抵制等。我国《反垄断法》规定的垄断协议，即可以视为“本身违法”。

合理规则，又称为合理分析规则，反映的是一个价值判断问题，合理规则强调的是对当事人限制竞争行为后果的考量，当事人的主观意图并不重要，当事人的行为是否限制了竞争也并不重要，关键在于对这种限制带来的正负两方面的效果进行权衡，如果利大于弊，或者说它所能产生的积极效果足以弥补其对竞争的损害，则该限制就是合理的，反垄断法不予禁止;反之，就是不合理的限制。反垄断法要禁止的是不合理的限制竞争。根据这一规则，判断某项协议是否违法，并不是着眼于协议的性质，而是着眼于其对竞争造成的实际后果。适用合理规则，固然可以在一定程度上承认、容忍一些有效率的限制竞争行为，鼓励创新，减少了本身违法规则“一刀切”的做法所可能产生的社会成本，但是也不可避免地带来了巨大的诉讼成本。如美国铝业公司案件(1945)，审判前后共经历了13年的时间，花费巨大。国际商用机器公司案件(1982)也消耗了大量的资源，有的评论家称该案件为联邦司法部反托拉斯的越南战争。

合理规则要考虑当事人所处产业的市场结构、当事人的市场权力、当事人限制竞争的目的、当事人限制竞争的必要性等等因素。从实质来看，合理规则是一套经济分析原则，对经济效率的考量占据了支配性地位。从这个意义上讲，“反托拉斯法日益变成了一套经济学的理性原则……其政治的、意识形态的特征，已经随着对其前提预设的共识的增长而退化了”。

在合理规则的分析框架中，以经济效率、对国民经济发展影响、社会公共利益等为判断商业行为合法性的标准，使得一些看起来属于垄断的行为而经过合理分析之后却被认为是合法行为。比如，以低于成本的价格销售商品，应该属于滥用市场支配地位的垄断行为，但是具有季节性降价的“正当理由”，则该行为不属于被禁止的垄断行为。这显示了对于垄断行为的弹性灵活态度。在我国《反垄断法》中，经营者集中审查考虑的三个影响(对市场进入、技术进步的影响，对消费者和其他有关经营者的影响，对国民经济发展的影响)，都需要运用合理规则加以判断经营者行为是否属于《反垄断法》禁止，需要解决信息不对称和不完整而导致的错误判断问题。反垄断执法机构的认定与被认定经营者通过举证进行抗辩的机制可以在一定程度上解决错误判断问题。比如，对于垄断协议的判断，可以用本身违法直接认定，但是经营者证明所达成的协议目的正当、不会严重限制相关市场的竞争，并且能够使消费者分享由此产生的利益，则可以豁免。

对于滥用市场支配地位的判断，被推定具有市场支配地位的经营者可以举证证明不具有市场支配地位，则不应认定其具有市场支配地位，从而“滥用”行为就失去基础。对于经营者集中的禁止，如果经营者能够证明该集中对竞争产生的有利影响明显大于不利影响，或者符合社会公共利益的，反垄断执法机构可以作出对经营者集中不予禁止的决定。经营者的举证，直接影响到经营者行为在反垄断法上的待遇。需要研究的是，经营者举证应该是主动举证还是抗辩举证。如果经营者主动举证，缺乏证明必要和证明的针对性，因此经营者举证应该是抗辩举证。